1500 m3/gün kapasiteli Merkezi Atıksu Arıtma Tesisi Mayıs 2013’ten itibaren atıksu alımına başlamıştır. Atıksu Arıtma Tesisi terfi merkezleri (3 adet), kompakt ünite, dengeleme havuzu, Ardışık Kesikli Reaktör (Sequencing Batch Reactor) tipi aktif çamur sistemi ve belt çamur susuzlaştırma sisteminden oluşmaktadır. Atıksu arıtma tesisi işletmesi Mass Arıtma Sistemleri İnşaat San. Tic. A.Ş. tarafından gerçekleştirilmektedir. Gebkim Merkezi Atıksu Arıtma Tesisi Çevre İzni 10.01.2019 tarihinde yenilenmiştir.
Katılımcı faaliyetlerinden kaynaklanan atık sular, kirletici konsantrasyonlarının GEBKİM Kanala Kabul Kriterleri’ni sağlaması halinde, herhangi bir ön arıtma işlemine tabi tutulmaksızın kanalizasyon sistemine bağlanmakta ve Bağlantı İzin Belgesi düzenlenmektedir.